لم يكتف موقع "ن/للقرآن وعلومه " بالمقالات والبحوث المهمة المنشورة فيه، ولا بالمواد الصوتيّة التي زخر بها، بل أُضيف إلى الموقع قسم جديد يحتوي على مخطوطات نادرة ومهمة تتعلّق بالقرآن الكريم وعلومه.

وعدد هذه المخطوطات حتى الآن مائة وسبع وعشرين مخطوطة متفاوتة في الحجم والجودة والوضوح، تُلبّي حاجة المهتمين بهذا المجال الحيوي..

ومن جملة المخطوطات التي يحويها الموقع والتي تمت إضافتها مؤخراً: حصيل المنافع من كتاب الدر اللوامع أصل مقرأة نافع لصاحبه أبو زكرياء يحيى بن سعيد السملالي الكرامي المتوفى سنة 793هـ، و روضة المقام في مشهوري الوقف على الهمز لحمزة وهشام للشيخ حسن بن محمد بوزيد، و شرح حرز الأماني ووجه التهاني وهو شرح ممزوج على الشاطبية، لعل مؤلفه هو: شهاب الدين أحمد بن يوسف السندي الحصكفي الحلبي الشافعي المتوفى سنة 895هـ، وبذل العلم والود في شرح تفصيل العقد لأبي زيد عبد الرحمن بن محمد القصري المعروف بالخباز المتوفى سنة 994هـ، والمنحة والتقريب في إمالة الكسائي على هاء التأنيث حالة الوقف، وتأليف في قراءة ابن كثير لأبو زيد عبد الرحمن ابن القاضي المكناسي المتوفى سنة 1082هـ، والتبيان في شرح مورد الضمآن لعبد الله بن عمر الصنهاجي المعروق بابن آجطا من أهل القرن الثامن الهجري، والتنوير في القرآن العظيم، وشرح اللامية في الإدغام (في أحكام الإدغام والإظهار) لأبي العلاء إدريس المنجرة المتوفى سنة 1137هـ.

ومن المخطوطات كذلك: مقالة الأئمة الأعلام لأبي زيد عبد الرحمن بن أبي القاسم بن محمد ابن القاضي المكناسي المتوفى سنة 1082هـ، الدقائق المحكمة في شرح المقدمة لشيخ الإسلام زكرياء بن محمد بن زكرياء الأنصاري المصري الشافعي التوفى سنة 926 هـ، والقول المفيد في أصول التجويد لكتاب ربنا المجيد لأبي الحسن برهان الدين إبراهيم بن عمر بن حسن الرباط البقاعي الشافعي المتوفى سنة 885 هـ، و شرح الشاطبية للشيخ الامام العالم العلامة العمدة الفهامه علي بن عثمان القاصح، و جهد المقل للشيخ محمد المرعشي الملق بساجقلي زادة من علماء القرن الثاني عشر، إلى غير ذلك من المخطوطات.